Les sédiments se déposent au cours du Secondaire et du Tertiaire, sur un substratum dont la structuration à été acquise sous l’influence de plusieurs orogenèses, notamment au cours de l’ère primaire. Ces structures anciennes ont orienté la sédimentation soit directement (acquis morpho-structural), soit indirectement à la suite de rejeux induits par des phases tectoniques ultérieures.
La géologie du substratum du bassin d’Aquitaine n’est connue que par un petit nombre de sondages et de données géophysiques. Les informations tirées de ces investigations ont été interprétées à la lumière d’un schéma structural élaboré dans les massifs anciens à la périphérie du bassin , Massif armoricain au nord, Massif central à l’est. Au sud, la péninsule ibérique et la chaîne varisque des Pyrénées sont probablement situées très à l’ouest de leur position actuelle.
Région nord-aquitaine
Le socle de cette région appartient à la zone interne de l’orogenèse varisque (hercynienne), dont les déformations majeures, de direction SE-NW, remontent au Dévonien (phase ligérienne en Vendée-Bretagne -400/-385 Ma). Au cours de l’histoire sédimentaire du bassin , ce socle se comporte comme une plate-forme assez stable (plate-forme nord-aquitaine), sur laquelle ne se déposent que des épaisseurs de sédiments relativement faibles (moins de 2 000 m).
Région centre-aquitaine
Le socle (« socle aquitain ») a été pour l’essentiel structuré il y a quelque 600 Ma, au cours de l’orogenèse cadomienne, dont la direction majeure est sud-ouest - nord-est. Les sédiments qui se sont accumulés sur ce très vieux socle au cours du Primaire n’ont été que faiblement affectés par les différentes phases de l’orogenèse varisque.
Au cours du Secondaire et du Tertiaire, cette entité de socle se comportera de manière différente au nord et au sud d’une ligne approximative Arcachon-Toulouse, appelée « Flexure celtaquitaine » des auteurs, qui correspond vers l’ouest à une limite de blocs basculés comme la faille Nord-Arcachonnaise (Platel, 1987, 1996) :
- au nord, le socle de la plate-forme nord-aquitaine relativement stable reçoit des sédiments dont l’épaisseur ne dépasse guère 2 000 m
- au sud, la grande mobilité du socle, aminci par étirement au Crétacé inférieur, lors de l’ouverture du golfe de Gascogne, induira de profonds fossés d’effondrement dans lesquels se déposeront jusqu’à 6 000 m de sédiments (future fosse de Parentis).
Région sud-aquitaine
Sur sa marge sud, en bordure des actuelles Pyrénées, le “socle aquitain” est affecté par l’orogenèse varisque, identifiée dans le domaine pyrénéen, au Carbonifère supérieur. Dans ce domaine se développera la profonde “fosse sud-aquitaine", à la fin du Secondaire et au début du Tertiaire, au nord de la faille nord-pyrénéenne. C’est le long de cette gigantesque cassure de la croûte, provoquée par l’ouverture du golfe de Gascogne à partir du Crétacé inférieur, que l’Ibérie glissera vers l’est au cours du Crétacé. Ainsi se déclenchera, entre la “flexure celtaquitaine” au nord et cette grande faille au sud, la formation de plusieurs bassins est-ouest très subsidents. Actuellement comblée par des sédiments dont l’épaisseur peut atteindre 10 000 m, la fosse sud-aquitaine est le plus profond d’entre eux.