Le retrait progressif de la mer, amorcé au Crétacé supérieur, se poursuit au début du Tertiaire, de façon plus précoce sur la plate-forme nord et centre- aquitaine, qui émerge totalement (Dubreuilh, 1987). Au Paléocène (-60 Ma), les faciès marins sont restreints au sud du bassin (Serrano, 2001). Il s’agit pour l’essentiel d’une sédimentation carbonatée, bioclastique à tendance récifale, qui caractérise la frange méridionale de la plate-forme.
Durant l’Eocène (-55 à -34 Ma), de très importants mouvements de compression sont engendrés par le serrage et le coulissage sénestre de la plaque ibérique contre la plaque aquitaine, le long de la faille nord-pyrénéenne (Olivet, 1996). Ces mouvements sont responsables de l’essentiel de la structuration alpine des Pyrénées (Canérot, 2008).
Le premier épisode tectonique important se situe au cours de l’Eocène inférieur (-50 Ma) ; il entraîne la surélévation de la zone primaire axiale, mais c’est pendant l’Eocène supérieur (-37 Ma) que se place l’épisode majeur de la phase pyrénéenne, responsable de la plupart des plissements de la zone nord-pyrénéenne et des décollements de nappes du versant espagnol et du Pays basque. Le sillon pyrénéen continue à se combler d’est en ouest, depuis le Crétacé supérieur. La sédimentation de cette première partie du Tertiaire (Paléocène à Eocène) s’organise au cours de quatre grands cycles T/R.
La plate-forme aquitaine est affectée par les contrecoups de ces mouvements de compression et des plissements d’amplitude variable s’y produisent un peu partout, jusqu’en Charentes et en Périgord (Platel, 1987, 1996).
- Le bassin d’Aquitaine à l’Eocène moyen / supérieur (source : BRGM, 1986)
A partir de l’Eocène inférieur, des transgressions marines s’avancent de nouveau sur le continent, alternant avec des phases d’émersion ; elles se cantonnent dans la moitié occidentale du bassin et ne dépassent que rarement la ligne Libourne-Aire/Adour. La majorité des sédiments se déposent dans une vasière carbonatée peu profonde admettant des hauts fonds émergés à certaines périodes (Villagrains, Audignon, Garlin…). Cette vasière se prolonge vers l’est, en direction de la Montagne Noire, par de vastes plaines d’inondation marécageuses où se déposent des molasses (Capdeville, 1987).
Le domaine marin profond est limité au domaine landais, toujours divisé par un seuil transverse. Dans les vasières les plus profondes du domaine occidental se déposent des argiles et des marnes. Le sillon pyrénéen, de plus en plus réduit, continue à se combler par des marnes pélagiques puis par des apports détritiques .
La formation des Pyrénées entraîne des rejeux positifs du Massif central. L’érosion immédiate de ces reliefs engendre de très grandes quantités d’apports détritiques continentaux sur toutes les bordures du bassin (faciès « sidérolithiques » et molasses des plaines d’inondation) dont l’épaisseur dépasse parfois 500 m (Dubreuilh, 1987 ; Capdeville, 1987). Au sud, l’érosion de la chaîne de montagne des Pyrénées, au fur et à mesure de sa montée, livre d’énormes quantités de galets qui s’accumulent à son pied, notamment les « poudingues de Palassou », produits du démantèlement des roches du Secondaire.