Au début du Secondaire (250 Ma), le bassin d’Aquitaine fait partie de la Pangée, grand ensemble continental constitué au Carbonifère, alors qu’une partie de la France était encore occupée par les montagnes varisques dont le Massif central et le Massif armoricain sont les restes actuels. Ce “super-continent” est bordé par l’océan téthysien. L’océan Atlantique n’existe pas encore et l’Aquitaine est alors proche de l’Amérique.
La Pangée est toutefois déjà affectée, depuis la fin de la période hercynienne, d’accidents qui seront sollicités au cours de la période de distension qui s’installe au Permien et s’achève à la fin du Crétacé, avec les premières phases pyrénéennes compressives de l’orogenèse alpine.
Deux grands accidents intéressent particulièrement l’Aquitaine. Leur tracé complexe préfigure le découpage des continents actuels (Europe, Afrique, Amérique) :
- un premier accident (« Cassure téthysienne ») dirige dès le début du Jurassique l’ouverture de la Téthys ligure et de l’Atlantique central assurant ainsi progressivement, au cours du Secondaire, la communication entre le domaine océanique téthysien oriental qui se ferme, et le domaine atlantique sud qui s’ouvre.
- un second accident (« Cassure atlantique ») entre en jeu beaucoup plus tard au Crétacé et dirige l’ouverture de l’Atlantique nord, selon une direction nord-ouest/sud-est, le long des branches Labrador-Baffin et Biscaye-Gascogne dans l’axe des Pyrénées, puis suivant une direction nord-sud au Tertiaire, entre le Groenland et la Scandinavie.
Lorsque commence l’histoire sédimentaire du bassin , au cours du Trias, l’érosion à déjà bien attaqué les reliefs montagneux hercyniens. Les produits de leur érosion ont d’abord alimenté le remplissage des bassins permiens, tel celui de Brive sur la marge nord-est de l’Aquitaine, puis ont continué à s’épandre dans les grands bassins de Paris et d’Aquitaine. L’histoire de ces bassins comprend donc d’abord, au Trias, une phase pour l’essentiel continentale, avant que l’érosion accentuée des montagnes anciennes ne facilite les grandes invasions marines qui se produisent à partir du Jurassique.